Red Mesa, Arizona. Un'arida distesa di pietre e polvere, riserva naturale dei Navajo. Nelle viscere di questa terra lontana da tutto è nascosta Isabella, la macchina più costosa mai costruita dall'uomo: un acceleratore di particelle in grado di ricreare le condizioni energetiche del Big Bang e di svelare, forse, il mistero clic avvolge le origini dell'universo.
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L'ha concepita Gregory North Hazelius, ambiguo genio della fisica, con l'aiuto di una formidabile squadra di scienziati. Ma qualcosa va storto e, inaspettatamente. Isabella si ribella ai suoi creatori: durante un esperimento la macchina smette di rispondere ai comandi e gli scienziati si trovano faccia a faccia con una misteriosa entità che si serve di Isabella per inviare oscuri e minacciosi messaggi. L'opinione pubblica si divide e le ipotesi si moltiplicano; c'è chi pensa al manifestarsi di intelligenze extraterrestri e chi teme l'avvento di un nuovo culto (fondato sulla scienza contro le religioni tradizionali. Mentre cinici predicatori da talk-show chiamano a raccolta i fedeli nella crociata contro l'ennesimo Anticristo e l'FBI indaga sul controverso progetto Isabella, il supcrcomputer di Hazelius prepara l'ultima, e più inquietante, sorpresa...