Indignazione racconta la storia di giovane ebreo, figlio unico dì una famiglia di macellai kosher nel primi anni Cinquanta. Tentato dalle opportunità che il futuro gli riserva e asfissiato da un padre patologicamente apprensivo, Marcus Messner decide di mettere cinquecento miglia fra sé e la famiglia, abbandonando il college di Newarkt per trasferirsi a Winesburg, Ohio.
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Lasciata la soffocante comunità ebraica, si ritrova nel Midwest, nell'America cristiana e conservatrice oppressa da una «costrittiva rettitudine» e da uno spudorato razzismo. Ma non appena mette piede nel nuovo college, gli appare evidente che quel posto non fa per lui. A tormentarlo sono dapprima i compagni di stanza e in seguito gli obblighi imposti dall'intoccabile tradizione del college, primo fra tutti quello di assistere ai moralistici sermoni rivolti agli studenti. Nel frattempo Marcus cerca di non farsi coinvolgere dalla vita goliardica delle confraternite studentesche, lavora come cameriere in un chiassoso bar per studenti e si innamora della compagna dì studi Olivia Hutton, una ragazza di buona famiglia, affascinante ma psichicamente instabile. Olivia lo conquista, e nello stesso tempo lo destabilizza, praticandogli un'entusiastica fellatio al primo appuntamento. Potrebbero essere i primi esitanti passi della liberazione sessuale, ma siamo all'inizio degli anni Cinquanta, siamo nell'Ohio, e siamo nella psiche di un giovane ebreo represso, che di fronte a tutto ciò che gli pare ingiusto non trova altra arma di difesa se non l'indignazione («la più bella parola della lingua inglese», scrive Roth). Un'indignazione che, alimentata dagli scritti di Bertrand Russell contro la religione, finirà per portarlo all'espulsione, all'arruolamento e a quella morte nella Guerra di Corea paventata fin dal principio del romanzo.