Nel novembre del 1999 una parte del rivestimento marmoreo della cappella sud si staccò precipitando al suolo. Questo incidente permise di verificare la struttura della Cappella e ha segnato l’inizio di un importantissimo lavoro di ricognizione e restauro portato avanti per anni con un sapiente mix di tecniche sperimentali e grande perizia artigiana.
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Il cantiere è consistito nello smontaggio di tutto il rivestimento dei pannelli marmorei e la successiva realizzazione di telai in acciaio inossidabile al cui interno sono stati rimontati in un prezioso mosaico gli splendenti rivestimenti in pietre dure. Tutto il procedimento è stato affiancato da un continuo controllo metrico e fotografico. L’eccezionalità dell’intervento, la preziosità del luogo e l’altissimo livello dei progettisti, dei restauratori e delle maestranze tutte ne ha fatto un cantiere scuola visitato da studenti e architetti da tutto il mondo. Completa l’opera una sintesi storica sull'utilizzo del complesso come sede museale.
