Partito alla volta dell'Oriente per il monopolio olandese del commercio con Cina e Giappone, John Blackthorne, comandante dell'Erasmus, si ritrova costretto da una tremenda tempesta al naufragio in un villaggio di pescatori nel Giappone feudale del XV secolo. In un mondo sconosciuto e lontano, Blackthorne deve trovare il modo di sopravvivere.
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Grazie al suo coraggio, che lo condurrà sulla via dei samurai, con il soprannome di Anjin (il navigatore) diventerà il fido aiutante dello Shogun e nella sua ascesa al potere conoscerà l'amore impossibile per la bella e ambigua Mariko.
